Am BER gilt ein Nachtflugverbot in der Zeit von 0 bis 5 Uhr. Zudem gibt es deutliche Einschränkungen des Flugverkehrs in den Nachtrandzeiten von 23 bis 24 Uhr und von 5 bis 6 Uhr.
Am alten Flughafen Schönefeld gab es noch kein Nachtflugverbot, hier konnten Flugzeuge rund um die Uhr starten und landen. Die Zahl der nächtlichen Flugbewegungen – gemeint ist hier die Zeit zwischen 22 und 6 Uhr – lag am BER nicht zuletzt deshalb seit der Inbetriebnahme im Jahr 2020 jedes Jahr deutlich unterhalb der Zahlen, die 2019 an den Flughäfen Tegel und Schönefeld gezählt wurden.
Eine spürbare Entlastung brachte das Ende der nächtlichen Postflüge im Frühjahr 2024. Am 27. März 2024, kurz nach Mitternacht, hob vom BER zum letzten Mal der Postflieger ab. Bis dato startete an 4 bis 5 Tagen pro Woche ein Postflug um 0.30 Uhr in Richtung Stuttgart, während die Briefe aus Stuttgart kurz danach gegen 1 Uhr nachts am BER landeten. Im gesamten Jahr 2023 gab es am BER 459 Postflüge, die seit dem Frühjahr 2024 nicht mehr nötig sind. Möglich machte das eine Änderung des Postgesetzes, welche die maximal zulässigen Brieflaufzeiten etwas verlängert. Bis dahin war die Post verpflichtet, innerhalb Deutschlands mindestens 80 Prozent aller Briefe innerhalb eines Werktages zuzustellen. Dies war bei Briefen, die z. B. aus Freiburg nach Usedom verschickt wurden, nur mithilfe des Postfliegers möglich.
Im Jahr 2011 begrenzte das Bundesverwaltungsgericht die Anzahl der möglichen Nachtflüge am BER. Demnach sind Starts und Landungen zwischen 23 und 24 Uhr sowie zwischen 5 und 6 Uhr bis zu einer jährlichen Nachtverkehrszahl von 12.852 möglich. Gezählt wird hier allerdings nicht die absolute Zahl an Flügen. Stattdessen werden Flüge in den sensiblen Zeiten zwischen 23.30 und 24 Uhr sowie zwischen 5 und 5.30 Uhr mit dem Faktor 2 multipliziert, also doppelt gezählt, um diese Zeiträume besonders zu schützen. Die Nachtverkehrszahl wurde am BER bislang immer deutlich unterschritten und lag 2023 bei 3.862.