Am BER gilt ein Nachtflugverbot in der Zeit von 0 bis 5 Uhr. Zudem gibt es deutliche Einschränkungen des Flugverkehrs in den Nachtrandzeiten von 23 bis 24 Uhr und von 5 bis 6 Uhr.
Für die Zeit zwischen 23 und 6 Uhr ist eine maximale Nachtverkehrszahl von 12.852 pro Jahr gesetzlich geregelt und wurde am 13. Oktober 2011 vom Bundesverwaltungsgericht festgelegt. Diese Nachtverkehrszahl beinhaltet nicht die absolute Anzahl an Flügen - stattdessen werden Flüge in den sensiblen Zeiten zwischen 23.30 und 24 Uhr sowie zwischen 5 und 5.30 Uhr doppelt gezählt, um diese Zeiträume besonders zu schützen. Im Jahr 2024 lag die Nachtverkehrszahl am BER bei 4.772 und somit deutlich unter der festgelegten Höchstgrenze.
Eine spürbare Entlastung brachte das Ende der nächtlichen Postflüge im Frühjahr 2024. Am 27. März 2024, kurz nach Mitternacht, hob vom BER zum letzten Mal der Postflieger ab. Bis dato startete an 4 bis 5 Tagen pro Woche ein Postflug um 0.30 Uhr in Richtung Stuttgart, während die Briefe aus Stuttgart kurz danach gegen 1 Uhr nachts am BER landeten. Im gesamten Jahr 2023 gab es am BER 459 Postflüge, die seit dem Frühjahr 2024 nicht mehr nötig sind. Möglich machte das eine Änderung des Postgesetzes, welche die maximal zulässigen Brieflaufzeiten etwas verlängert. Bis dahin war die Post verpflichtet, innerhalb Deutschlands mindestens 80 Prozent aller Briefe innerhalb eines Werktages zuzustellen. Dies war bei Briefen, die z. B. aus Freiburg nach Usedom verschickt wurden, nur mithilfe des Postfliegers möglich.