Die Flughafengesellschaft (FBB) kümmert sich nicht nur um den Betrieb des BER, sondern sorgt mit einer Reihe anspruchsvoller ökologischer Projekte auch dafür, dass die durch den Bau des BER entstandenen unvermeidbaren Veränderungen der Natur und Landschaft ausgeglichen werden. So wurden all die Eingriffe in die Flora und Fauna, den Boden und den Wasserhaushalt sowie in das Erscheinungsbild und in die Erholungsfunktion der Landschaft bereits 2004 im Rahmen des Planfeststellungsbeschlusses durch eine Umweltverträglichkeitsprüfung bewertet. Im Ergebnis der Prüfung wurde die FBB verpflichtet, Kompensationsmaßnahmen zu schaffen. Heute zeigen zahlreiche Kompensationsmaßnahmen um Umland des BER Erfolge. Um nachhaltig einen echten ökologischen Mehrwert für die Region zu schaffen, übernimmt die FBB für 25 Jahre die Pflege der Naturschutzmaßnahmen.