Zur Messung von ultrafeinen Partikeln (UFP) bzw. Ultrafeinstaub betreibt die FBB zwei Messstellen, eine direkt am BER und eine weitere im wenige Kilometer östlich gelegenen Berlin-Bohnsdorf (BDF). Gemessen werden ultrafeine Partikel mit einem Durchmesser von weniger als 100 Nanometer bzw. weniger als 0,0001 Millimeter, die vor allem durch Verbrennungsprozesse entstehen, also z. B. durch Verbrennungsmotoren und Heizungen, aber auch beim Grillen und Kochen oder durch Kerzen und Toaster.
Obwohl keine gesetzlichen Grenzwerte vorliegen, werden Ultrafeinstaubmessungen von der FBB bereits seit 2016 durchgeführt. Durch die Messungen soll vor allem herausgefunden werden, inwieweit der BER einen Einfluss auf die UFP-Belastung in der Nachbarschaft hat. Da sämtliche Verbrennungsprozesse (Autoverkehr, Heizung, etc.) eine Quelle für Ultrafeinstaub sind, liegt die besondere Herausforderung darin, herauszufinden, welchen Anteil daran der BER hat.
Die UFP-Jahresmittelwerte zeigen, dass am BER im Jahr 2021 die bislang höchste UFP-Belastung gemessen wurde. Da in den Jahren 2022 und vor allem 2023 jedoch deutlich mehr Flugzeuge am BER starteten und landeten, ist ein Zusammenhang zum Flugverkehr hier nicht eindeutig erkennbar.
Auch für die Messungen in Bohnsdorf lassen sich keine eindeutigen Korrelationen zwischen Flugverkehr und Ultrafeinstaub feststellen. Hier wurde 2020, als es kaum Flugverkehr gab, sogar mehr Ultrafeinstaub gemessen als im Jahr 2023, in dem etwa 70.000 Flugzeuge mehr am BER starteten und landeten. Die bisherigen Messergebnisse legen somit den Schluss nahe, dass der Ultrafeinstaub zum Teil von Emissionsquellen verursacht wurde, die nicht mit dem Flughafen BER zusammenhängen.
Forschungen zum Thema Ultrafeinstaub sind noch sehr jung und untersuchen vor allem mögliche gesundheitliche Auswirkungen. Die FBB unterstützt Forschungsprojekte, etwa das ULTRAFLEB-Projekt des Umweltbundesamtes sowie die BEAR-Studie der Charité und Heinrich-Heine-Universität aus Düsseldorf, durch die Bereitstellung von Messergebnissen. Die Forschung misst UFP-Partikel über einen Zeitraum von mehreren Jahren und untersucht zudem gesundheitliche Auswirkungen.