Häufigere und längere Dürreperioden im Sommer, Starkregenereignisse und der Umgang mit potenziell gefährdenden Stoffen in technischen Flughafenanlagen lassen das Thema Wasserwirtschaft am BER immer wichtiger werden. Für die Flughafengesellschaft (FBB) ist vor allem der Umgang mit Regenwasser, Trinkwasser und Abwasser von besonderer Bedeutung. Dabei hat die FBB sowohl gesetzliche Vorgaben als auch Verbräuche im Blick und führt gemeinsam mit Sachverständigen regelmäßige Prüfungen und Kontrollen durch.
Der BER hat eine Fläche von etwa 1.470 ha und ist damit etwa viermal so groß wie das Tempelhofer Feld. Die Flächen werden sehr unterschiedlich genutzt, weshalb auch das abfließende Niederschlagswasser unterschiedlich stark verschmutzt sein kann. Daher wird das Niederschlagswasser auf Grundlage der Planfeststellung in drei Klassen eingeteilt.
Um das Niederschlagswasser der Klassen B und C zu reinigen, stehen Bodenfilter zur Verfügung. Zusätzlich sind für die Klasse C spezielle Abscheider installiert, die in der Lage sind, mögliche Verunreinigungen durch Treibstoffe oder Öle aus dem Niederschlagswasser zu entfernen.
Lediglich das Niederschlagswasser der Klasse A darf dezentral über Mulden und unterirdische Regenwasserspeicher (Rigolen) versickert werden. Niederschlagswasser der Klassen B und C wird in einem etwa 300 km langen BER-Leitungsnetz gesammelt, regelmäßig beprobt und nach Bedarf in Bodenfiltern behandelt. Sofern die gesetzlichen Grenzwerte eingehalten sind, wird das Wasser entweder in den Selchower Flutgraben und den Glasowbach abgeleitet oder über eine große Mulde an der Südbahn versickert. Als Alternative zur Behandlung in den Bodenfiltern besteht bei zu hohen Schadstoffbelastungen auch die Möglichkeit der Entsorgung über das Klärwerk in Waßmannsdorf.
Bei sehr viel Niederschlag können am BER bis zu 100 Millionen Liter Wasser pro Tag zusammenkommen, also die Menge, die in 40 olympische Schwimmbecken oder 500.000 Badewannen passt. Auch bei solch außergewöhnlich großen Regenmengen muss das Entwässerungssystem die Wassermengen sicher aufnehmen und ableiten. Daher können allein in der großen Versickerungsmulde an der BER-Südbahn knapp 140 Millionen Liter Wasser zwischengespeichert werden. Parallel dazu ist bei Niederschlagswasser der Klasse A auch die Ableitung in umliegende Gewässer möglich.
Die Menge des verbrauchten Trinkwassers ist vor allem von der Menge der Reisenden abhängig und konnte zuletzt, gemessen an den Reisenden, bereits deutlich gesenkt werden. Nachdem 2021 noch 38 Liter Trinkwasser pro Verkehrseinheit (Passagiere und Fracht) anfielen, sank die Zahl danach auf 21 Liter.
Auf der Ebene E1 befinden sich im Abflugbereich insgesamt sechs Trinkwasserspender, die für alle Menschen frei zugänglich sind.
Die Menge an Abwasser hängt von verschiedenen technischen Prozessen, aber auch natürlichen Rahmenbedingungen, ab. Einer der signifikanten und nicht beeinflussbaren Faktoren für das Abwasseraufkommen ist das Wetter und damit verbunden die Menge an Niederschlag. Diese kann von Jahr zu Jahr stark variieren. Dennoch gelang es die Abwasserbilanz zu verbessern: Während hier 2021 noch 92 Liter pro Verkehrseinheit anfielen, sank der Verbrauch danach auf 41 Liter.