Häufigere und längere Dürreperioden im Sommer, Starkregenereignisse und der Umgang mit potenziell gefährdenden Stoffen in technischen Flughafenanlagen lassen das Thema Wasserwirtschaft am BER immer wichtiger werden. Für die Flughafengesellschaft (FBB) ist vor allem der Umgang mit Regenwasser, Trinkwasser und Abwasser von besonderer Bedeutung. Dabei hat die FBB sowohl gesetzliche Vorgaben als auch Verbräuche im Blick und führt gemeinsam mit Sachverständigen regelmäßige Prüfungen und Kontrollen durch.
Insgesamt gibt es am BER 140 Hektar Vorfelder, 215 Hektar Rollwege sowie die zwei Runways, auf denen enorme Regenmassen zusammenkommen können. Im Jahr 2023 kamen allein am regenreichsten Tag des Jahres 95 Millionen Liter Regenwasser zusammen. Um die Flächen zu entwässern, gibt es am BER 300 km Leitungen in Durchmessern von 150 mm bis 3 m. Um zudem Auswirkungen auf die Umwelt zu vermeiden, wird das Regenwasser in verschiedene Klassen eingeteilt.
Die Menge des verbrauchten Trinkwassers ist vor allem von der Menge der Reisenden abhängig und konnte zuletzt, gemessen an den Reisenden, bereits deutlich gesenkt werden. Nachdem 2021 noch 38 Liter Trinkwasser pro Verkehrseinheit (Passagiere und Fracht) anfielen, sank die Zahl danach auf 21 Liter.
Die Menge an Abwasser hängt von verschiedenen technischen Prozessen, aber auch natürlichen Rahmenbedingungen, ab. Einer der signifikanten und nicht beeinflussbaren Faktoren für das Abwasseraufkommen ist das Wetter und damit verbunden die Menge an Niederschlag. Diese kann von Jahr zu Jahr stark variieren. Dennoch gelang es die Abwasserbilanz zu verbessern: Während hier 2021 noch 92 Liter pro Verkehrseinheit anfielen, sank der Verbrauch danach auf 41 Liter.