Die Flughafengesellschaft (FBB) betreibt nicht nur den BER, sondern sorgt mit verschiedenen Naturschutz- und Kompensationsmaßnahmen dafür, die durch den Bau des BER entstandenen Eingriffe in Natur und Landschaft auszugleichen. Die hierfür erforderlichen Maßnahmen wurden im Rahmen des Planfeststellungsverfahrens bewertet und festgelegt. Diese umfassen unter anderem Flächen für Natur- und Landschaftsentwicklung, Ausgleichsmaßnahmen sowie Maßnahmen zur langfristigen Pflege und Beobachtung ausgewählter Bereiche.
Die FBB betreut und begleitet diese Maßnahmen entsprechend den festgelegten Anforderungen. Heute tragen zahlreiche Ausgleichsflächen und Naturschutzmaßnahmen im Umland zur ökologischen Entwicklung der Region bei. Um deren langfristige Wirksamkeit zu unterstützen und möglichst sicherzustellen, dass die Maßnahmen sich gut entwickeln, übernimmt die FBB für 25 Jahre die Pflege dieser Flächen.