Es ist eines der zentralen Anliegen der FBB, den Ausstoß von Luftschadstoffen auf ein Mindestmaß zu reduzieren. Dennoch lässt sich beim Betrieb eines Flughafens die Entstehung von Luftschadstoffen nicht vermeiden. Für die Emissionen sind in erster Linie die Flugzeugturbinen verantwortlich, die u.a. Kohlenmonoxid, Stickoxide, Schwefeldioxid, Kohlenwasserstoffe, Ruß und Kohlendioxid emittieren. Eine weitere Schadstoffquelle sind die Hilfstriebwerke der Flugzeuge (auxiliary power units), die elektrische Energie und Druckluft erzeugen, um einen autarken Betrieb von Flugzeugen am Boden zu ermöglichen. Dieselbetriebene Bodenstromaggregate (ground power units), die die Flugzeuge auf terminalfernen Außenpositionen mit Energie versorgen, erzeugen ebenso Luftschadstoffe wie der Bodenverkehr durch Busse und Schlepper. Hier wird Elektromobilität auf lange Sicht einen deutlichen Beitrag zur Schadstoffreduzierung leisten.
Auch die An- und Abreise zum Flughafen verursacht Emissionen. Im Jahr 2021 nutzten rund 10 Millionen Passagiere den BER. Deren An- und Abreise sowie die der mehreren Tausend Mitarbeitenden und Dienstleiser des Flughafens sind weitere Quellen von Schadstoffemissionen. Reduziert werden die Emissionen jedoch durch die optimale Anbindung des BER an den öffentlichen Personalverkehr und Fernverkehr der Deutschen Bahn. So kam 2021 rund die Hälfte der Reisenden mit öffentlichen Verkehrsmitteln zum Flughafen, langfristig soll der Anteil noch weiter auf rund zwei Drittel ansteigen.
Um die Umweltwirkung des Luftverkehrs langfristig zu untersuchen, führt die FBB seit 2011 freiwillige Umwelt-Monitorings durch: ein Bienen und ein Bio-Monitoring.
Mit dem Bienen-Monitoring wird untersucht, ob und inwieweit sich verkehrstypische Schadstoffe wie Schwermetalle und PAK´s (Polyzyklische Aromatische Kohlenwasserstoffe) in Honig, Pollen und Wachs anreichern. Dazu werden eigene Bienenvölker gepflegt und deren Produkte mit jenen von flughafenfernen Völkern verglichen. Beim Bio-Monitoring werden Pflanzen auf die Rückstände von verkehrstypischen Schadstoffen hin geprüft. Dazu werden standardisierte Grünkohlpflanzen und Graskulturen gezüchtet und untersucht.
Die Ergebnisse der Umwelt-Monitorings sind seit Jahren eindeutig und zeigen, dass es keine Einflüsse des Luftverkehrs gibt oder diese weit unterhalb von Grenzwerten liegen.